Her dijital lider, çalışmalarının daha büyük bir amaca katkıda bulunduğunu düşünmekten hoşlanır. Francis Crick Enstitüsü CIO’su James Fleming’e göre bu katma değer unsuru, işinin temel unsurudur.
Günlük rollerini ve sorumluluklarını yansıtarak, “Geceleri bilgisayarlarla kanserin tedavisine yardımcı olduğumu düşünerek uyuyorum” diyor. Fleming, telekomünikasyon devi BT’den mezun olduktan sonra çalışma hayatını geçirdikten sonra Ekim 2018’de Crick’e katıldı. BT’de geçirdiği 11 yıl boyunca büyük projelerde tasarımcı ve teknik direktör olarak çalıştı.
“Teknolojiyi anlamak için harika bir temeldi. BT’deki son görevim, Birleşik Krallık’taki fiber geniş bant yaygınlaştırma programının teknik direktörlüğüydü; bu çok büyük bir girişimdi ve çok baskılıydı. Bu projenin sonunda yeni bir şeye hazırdım” diyor Fleming.
“Bir işe alım yetkilisi beni aradı ve şöyle dedi: ‘Londra’daki bu devasa araştırma enstitüsünde çalışmak ister misiniz?’ Her gün Crick’in önünden geçer ve ‘Burası çalışmak için ilginç bir yer olabilir’ diye düşünürdüm. Ve buranın çalışmak için çok ilginç bir yer olduğunu keşfettim.”
Fleming bu rolü zorlu, tatmin edici ve heyecan verici buluyor. Crick’teki 2.000’den fazla personel ve öğrenci, disiplinler arası çalışmak ve moleküllerden hücrelere ve tüm organizmalara kadar her düzeyde biyolojiyi keşfetmek için geniş kapsamlı bilgi ve uzmanlıklarını kullanıyor.
“İnsan hastalığını aklınıza gelebilecek her açıdan inceliyoruz. Bu sadece kanser değil, ancak bu yaptığımız işin büyük bir direği çünkü biz Cancer Research UK tarafından finanse edilen üçte biriz. İnsan hastalıklarını anlamanın tüm temel biyolojisine bakıyoruz” diyor.
“Burası kelimenin tam anlamıyla birisinin dünyayı değiştirecek bir etki yaratabilecek bir fikre sahip olabileceği türden bir yer. Heyecan verici. Ancak bu aynı zamanda ayak uydurmaya çalışmanız gereken taleplerin olağanüstü olduğu anlamına da gelir. Rolün bu meydan okuması onu heyecan verici kılıyor.”
Dönüşümsel değişimi desteklemek
Crick, 2017’nin başlarında Londra’daki King’s Cross İstasyonu yakınında özel olarak inşa edilmiş yeni tesisinde faaliyete geçti. Bugün merkez 100’den fazla araştırma grubuna ev sahipliği yapıyor. Enstitünün araştırma altyapısı direktörüne rapor veren Fleming, kuruluşta geçirdiği altı yıl boyunca yapılan çalışmaların çoğunun altyapının kurulmasına yardımcı olmaya odaklandığını söylüyor.
“İlk aşama çılgıncaydı” diyor. “Bu kurumsal bir dönüşüm bile değildi çünkü dönüştürülecek pek bir şey yoktu. Her şeyi sıfırdan inşa etmekle ilgiliydi. İlk birkaç yıl startup modundaydık.”
Geceleri bilgisayarlarla kanserin tedavisine yardımcı olduğumu düşünerek uyuyorum
James Fleming, Francis Crick Enstitüsü
2020’de altyapı başlangıç süreci hızla koronavirüs pandemisine dönüştüğünde başka zorluklar da ortaya çıktı. Fleming ve meslektaşları tüm enstitüyü Londra’daki akut vakıflar için bir Kovid-19 test hattı olarak yeniden tasarladılar. Kuruluş bu süre zarfında çalışanları ve hastaları test etti. Dönüşüm çabasının hızını çılgınca olarak tanımlıyor.
“Boru hattını dokuz gün içinde çalışır hale getirdik” diyor. “Daha sonra dokuz gün içinde bu boru hattının üzerine bir personel testi çözümü oluşturduk ve bunu Wellcome Trust’a ve Kingston’daki Sanger Genom Kampüsü’ne de genişlettik; bu hayati önem taşıyordu çünkü onlar genomik varyant analizinin tamamını koordine ediyorlardı. ülke. Çalışmalarımız bu operasyonları açık tuttu, böylece farklı varyantları takip etmeye ve takip etmeye devam edebildiler.”
Fleming, nefes almaya pek vakit kalmadığını öne sürerek bu çalkantılı değişim dönemini yansıtıyor. Crick araştırmacıları işe almaya ve bilimsel faaliyetlerini artırmaya devam etti. Kuruluşun büyüklüğü 2017’den bu yana neredeyse iki katına çıktı. Fleming, ölçekteki artışın bilimin gerçekleştirilme biçiminde “tam bir devrim” ile birlikte gerçekleştiğini söylüyor.
“Altı yıl önce katıldığımda değişimin tohumları oradaydı ve Crick, veri bilimine yaklaşımı konusunda oldukça ileri görüşlüydü. Enstitü, birinci nesil, yüksek performanslı bilgisayarlara büyük yatırım yaptı. Büyük bir yenileme yatırımının ardından artık ikinci neslimize geçtik” diyor.
“Veri bilimi yöntemlerinin biyoenformatikte küçük, özel bir faaliyet olmaktan çıkıp binadaki her laboratuvarın standart araç setinin bir parçası haline geldiğini söylemek yanlış olmaz. Dolayısıyla o dönemde ıslak laboratuvar biyolojisi ile hesaplamalı biyoloji arasında, bizim de ayak uydurmamız ve gerçekleşmesine yardımcı olmamız gereken bir devrim yaşandı.”
Esnek bir platform oluşturmak
Fleming, Crick’e BT direktörü olarak katıldı. Enstitüde çalıştığı süre boyunca en büyük değişikliklerden birinin bilimsel hesaplamanın BT departmanının geri kalanıyla bir araya getirilmesi olduğunu söylüyor. Bu entegrasyon süreci, 2021’de CIO rolünün oluşturulmasına yol açtı.
Fleming, teknolojiyi denetleme görevinde birden fazla donanım ve yazılım sağlayıcıyla çalışıyor. Nvidia grafik işlem birimleri (GPU’lar), Dell merkezi işlem birimleri (CPU’lar) sağlar ve Lenovo ve IBM depolama sağlar. Crick ayrıca donanımının üzerinde açık kaynaklı bir yazılım yığını çalıştırıyor.
Snowflake başka bir anahtar sağlayıcıdır. 2022’de Fleming, Computer Weekly’ye tedarikçinin Veri Bulutu’nun hassas erişim kontrolleri, yönetim raporlaması, kimlik doğrulama, faturalandırma kontrolü ve veri paylaşımı yeteneklerini nasıl sağladığını açıkladı. Enstitü, çeşitli alanlarda çığır açan araştırmaları destekleyen güvenilir araştırma ortamları (TRE’ler) oluşturmak için Snowflake’i kullandı. Fleming, çabaların artırılmaya devam ettiğini söylüyor.
“Crick, veri bilimine yaklaşımı konusunda oldukça ileri görüşlüydü. Enstitü, birinci nesil, yüksek performanslı bilgisayarlara büyük yatırım yaptı. Büyük bir yenileme yatırımının ardından artık ikinci neslimize geçtik”
James Fleming, Francis Crick Enstitüsü
“Snowflake’i üstlendiğimiz tüm yüksek performanslı bilgi işlem araştırmalarına yardımcı olarak kullanıyoruz” diyor. Platform, klinik olarak tanımlanabilir verilerin güvende kalmasını sağlar. TRE’ler, uzun süreli Kovid’in nadir kanserler üzerindeki etkisini inceleyen enstitünün Snowflake için orijinal pilot projesinden, koronavirüs epidemiyolojisine yönelik araştırmalara kadar birçok projeyi destekliyor. Fleming, Snowflake’in bölümler arası araştırma süreçlerine yardımcı olduğunu söylüyor.
“Bu, birden fazla kişinin veri kümelerinin birleştirilmiş dilimlerinden oluşan ‘veri kümemle nasıl çalışırım?’ sorununa zarif bir çözüm” diyor. “Ama herkes emin. Verileri sunuculara aktarmıyorsunuz ve bir daha da görülmüyorlar.”
Bugün teknoloji, farklı TRE’lerle bir düzine eşzamanlı projeyi desteklemektedir. Fleming, Snowflake’i klinik araştırmalar için “her zamanki gibi iş” platformu olarak tanımlıyor. Bir sonraki aşamada teknolojinin yeni alanları nasıl destekleyebileceğinin ele alınacağını söylüyor.
“TRE’ler aslında Snowflake’in sadece bir konfigürasyonudur” diyor. “Platformun temel bileşenlerinin mimarisini kavramaya başladığınızda bu yaklaşımın size sağladığı esneklik, çok ama çok harika şeyler yapabileceğiniz anlamına geliyor.”
Yeni alanları keşfetmek
Fleming, son birkaç yıldır karşılaştığı zorlukların, teknolojik gelişmenin hızlı temposu ile birlikte daha da arttığının farkında. BT endüstrisi ve genel halk, üretken yapay zekanın (GenAI) potansiyeli karşısında heyecanlandı.
Enstitü, araştırmacıların keşiflerin kilidini açmasına yardımcı olmak için uzun süredir yapay zeka ve makine öğrenimi gibi yeni gelişen teknolojileri kullanıyor. Ancak Fleming, GenAI kullanma fırsatının artmasının Crick’te çalışma konusunda büyük bir değişikliğe yol açmadığını söylüyor.
Kanıtlanabilirlik bilimsel araştırma sürecinin önemli bir unsurudur. Araştırmacıların, hayatın büyük sorularına cevap vermek için halka açık geniş dil modellerini basitçe kullanamayacaklarını söylüyor: “Neyle çalıştığınızın, kullandığınız verilerin, nasıl iyileştirdiğinizin kaynağı konusunda titiz olmalısınız. modelin zaman içindeki performansı, bu analizin hastalığa ilişkin mekanik anlayışınız için ne yaptığı vb.
Başarılı bilimsel araştırmanın anahtarı, titizlikle test edilmiş ve kanıtlanabilir sonuçlar sunmak için denenmiş ve güvenilir teknikleri kullanmaktır. Fleming, bir sonraki büyük zorluğun, GenAI çoğunluğuna katılmak yerine, araştırmacıların insanların bilimsel analizlerin merkezinde yer almasını sağlamalarına yardımcı olmak için teknolojiyi kullanmak olacağını söylüyor. Bir örnek veriyor.
“Grup liderlerimizden biri, geçen sonbaharda yayınlanan ve hava kirleticilerle bağlantılı akciğer kanseri gelişimi için yeni bir mekanizma yaratan çığır açan bir çalışma yaptı” diyor. “Araştırmak istedikleri açık soru şu: ‘Tamam, şimdi bu bağlantıyı yerel laboratuvar düzeyinde kurduk; bu, nüfus çapında ne anlama geliyor?'”
Fleming, diğer araştırmacıların çevredeki mikroplastiklerin nörodejenerasyon üzerindeki etkisini araştırdıklarını söylüyor. Bu araştırma sorularını keşfetmek, yeni kombinasyonlarda yeni veri türleri gerektirir.
“Jeouzaysal olarak çalışmanız gerekiyor” diyor. “Çevresel veri kaynaklarıyla çalışmanız gerekiyor. Peki bu verileri nasıl getirip klinik laboratuvara nasıl bağlayacağız?”
Fleming’e göre cevap, ekibinin, normalde yaşam bilimleri dünyasından ziyade çevre bilimlerinin bir parçası olarak kabul edilen geleneksel olmayan veri kaynaklarını enstitünün nasıl kullanabileceğini çözmesi olacak.
“Bu dünyaları platformlarla, belki de nesnelerin interneti ve sensörler ve coğrafi uzamsal veri haritalama araçları gibi teknolojileri kullanarak, bir ekosistem olarak Dünya’dan bireysel bir proteinin görüntülenmesine kadar her şeye nasıl bağlarsınız? Bu soruyu henüz nasıl çözeceğimizi bilmiyorum ama muhtemelen ele almamız gereken bir sonraki cevaplanmamış soru bu.”
Öncü çözümler sunmak
Fleming, 24 ay içinde oluşturmak istediği dijital organizasyonun, Crick’te CIO olarak yaptığı çalışmalara yön veren uzun vadeli ilkelere sadık kalacağını söylüyor. “Bölüm için stratejiyi oluşturduğumuzda, misyon beyanında birinci sınıf bilimi mümkün kılmak istediğimizi söylüyordu ve bu hala geçerli” diyor.
Fleming, organizasyon genelindeki bilim adamlarının çözülmesi gereken sorunlarla giderek artan bir şekilde departmanına geldiğini söylüyor. Ekibi, güçlü donanım ve yazılım temelleri oluşturmuşlarsa bu uzmanlara yardımcı olabilir. Fleming, temelleri bilim adamlarını hipotezlerden çözümlere götüren bir kanal olarak görüyor.
“Ancak bir yerden diğerine köprüyü inşa ettiğimizde cevaplamak istedikleri soruları cevaplayabilecekler. Bir bütün olarak organizasyon genelinde bu yapıyı zaten oluşturduğumuzu umuyorum ve yaklaşımımızı geliştirmeye devam edeceğimizi umuyorum” diyor.
“Ölçeklenebilir, yüksek kaliteli, oldukça niş çözümleri ilk etapta yeniden oluşturmak için derin teknoloji uzmanlığına sahip, ancak daha sonra potansiyel olarak genel olarak uygulanabilir platformları çok hızlı bir şekilde yeniden oluşturmak için dinamik ve problem çözme odaklı bir BT organizasyonu sağlamamız gerekiyor. ”
